Ayer tuve la suerte de poder participar y ayudar en la definició de un treball de recerca de bachillerato que puede resultar muy, muy interesante. Además, entronca con una de las ideas que veo con más recorrido: utilizar las herramientas e información disponible en las bases de datos públicas para hacer ciencia en los institutos (y, por tanto, enseñar y aprender conceptos y, lo que es igual o más importante, la manera de funcionar de la ciencia). 

El treball de recerca utilizará los datos y las herramientas que pone a disposición de todo el mundo el NCBI. En este caso en concreto parece que se centrarán en la comparación masiva de secuencias de nucleótidos o de aminoácidos para responder a diferentes preguntas. Me reservo la sorpresa para más adelante. Tomároslo como un teaser sin spoilers. 

Aprovecharé la ocasión para dejaros con un protocolo de cómo realizar comparaciones masivas de las secuencias que creáis más convenientes. 

En el NCBI, entre otras muchísimas cosas, podemos buscar tanto secuencias de nucleótidos como proteínas. Utilizaré como ejemplo mi vieja amiga MKP-1 (o DUSP-1). Durante cuatro años fuimos íntimos; supongo que ella ya no se acordará de mí (snif). La frase perenne.

Para buscar su secuencia de nucleótidos, utilizaremos la base de datos Nucleotide. Ponemos «MKP-1» en la barra de búsqueda. Intro. Et voilá:

Entrada para justificar el abandono de este blog. Como ya comenté, estoy bastante liado poniendo en marcha la maquinaria de Eduscopi, junto con las obligaciones no-virtuales (del MundoRealTM, que diría Microsiervos) y otros blogs de afluencia mínima. 

Gracias a algunos de los proyectos que estamos poniendo en marcha, he podido sumergirme más en el mundo del modelado e impresión 3D. Es impresionante e inacabable. En el blog de eduscopi he publicado una entrada sobre cómo generar modelos 3D imprimibles de diferentes moléculas. Y la semana que viene caerá una sobre cómo generar un modelo 3D del relieve de cualquier región del mundo. 

Supongo que iré poniendo al día este blog con más novedades sobre algunos de los proyectos en los que estamos enfrascados. 

He leído en el recomendable blog de Richard Byrne una entrada sobre Parapara Animations. La captura de imagen que acompañaba la entrada me ha llamado la atención por su sencillez, así que he decidido probarla. 
Y es, efectivamente, muy sencilla de utilizar. Aquí tenéis un ejemplo que he hecho en unos 10 minutos.
Otra aplicación más (¡y cuántas van ya!) a añadir a la lista. 

A modo de preparación de las interesantes jornadas de mañana y pasado en el ITWorldEDU estón haciendo un listado de las cuentas de twitter de los ponentes y moderadores. ¡Espero que os sean útiles! 

Por cierto, veréis que me faltan algunos. Si los conocéis (o encontráis algún fallo, claro), decídmelo y lo añadiré o corregiré. 

Durante el ITWorldEDU twittearé, seguramente, desde la cuenta de @eduscopi. 

25 de febrero

• Gerard Ardanuy: @gardanuy_bcn
• Meritxell Ruiz Isern: @RuizIsern
• Albert Forn: @albertforn
• Baptista Borrell: @Bbborrell
• Roger Blamire: @rblamire (parece que se encuentra inactiva)
• Javier Tourón: @jtoufi
• Imma Marín: @immamarin
• Jordi Adell: @jordi_a
• Albert Sangrà: @albert_sangra
• Ramón Martí: @Ramon_Marti_KY
• Aitor Mensuro: @Mensuro
• Félix Serrano: @feserdel
• Javier Pedregosa
• Boris Mir: @lamirada
• Ramon Roy
• Ramon Grau (inactiva)
• Evaristo González 
• Carles Suero: @carlessuero
• Montserrat Font: @mfontu
• Patricia Carranza
• Miquel Àngel Prats: @maprats
• Dani Jiménez: @cienciadeldani

26 de febrero

• Richard Gerver: @richardgerver
• Eduard Martin @emartinli
• Gergely Nádori: @gnadori (bastante inactiva)
• Hermann Morgenbesser: @morx2010
• Nicole Speck: @speck_nicole 
• Marina Jiménez-Iglesias
• Xavier Ruiz: @xruizcasafont
• Ignasi Nogués @inogues
• Xavier Abel
• Joan Alcaraz: @JoanF2
• Antonio Carmona
• Albert Forn @albertforn

• Òscar Montes
• Jordi Vivancos
• Juan Ramon Alegret
• Mercé Gisbert: @Merce_G
• Francesc Rambla: @frambla
• Anna Majó
• Jordi Puigneró: @jordiPuignero
• Josep Maria Marquès
• Baptista Borrell:  @Bbborrell

Traducción del artículo publicado en eduscopi el 10 de febrero.
Traducció de l'article publicat al web d'eduscopi el 10 de febrer.

La entrada de hoy es especial en muchos sentidos. Por un lado nace de una pregunta surgida en una aula de segundo de bachillerato. Esta pregunta me llegó a mí al día siguiente por boca de Xavier Valbuena, a quien estaba entrevistando (próximamente en sus pantallas). Por otro lado, es una pregunta que implica bastante ciencia, y me hubiera encantado poder publicar su respuesta en mi inactivo blog Así de simple, así de natural (snif, snif). 

¿Cuál es la pregunta? Simplificando: ¿Cómo pueden los priones, proteínas mal plegadas, llegar así, mal plegadas, hasta el cerebro? ¿Cómo entran por la pared intestinal? 

La pregunta tiene su miga. He rebuscado en los intestinos de PubMed (la república independiente de cualquier búsqueda biomédica) y algo he encontrado... Pero empecemos por el principio. 

El otro día, compartiendo un café con un profesor (un mentor, un amigo, mejor dicho), me preguntó si conocía alguna herramienta para hacer buenos pedigrís genéticos para utilizarla en clase. Y me picó la curiosidad.
 
Recordaba haber visto hace ya algún tiempo una que tenía muy buena pinta, pero no recordaba cuál era, así que tocaba hacer la búsqueda de nuevo. 

La buena noticia es que parece que hay unas cuantas herramientas de pedigrís. La "mala noticia" es que no tengo tiempo de probarlas todas. 

Aquí os las dejo, si probáis alguna de ellas, me encantaría que compartieseis vuestra experiencia:

Sigo con mi via crucis recopilativo. Y hoy llego a mi particular mes de resurrección: Octubre de 2014. Tampoco vamos a entrar aquí en detalles. 

Encaro ya la recta final del año pasado con esta recopilación mensual de los enlaces más interesantes consultados en septiembre. 

Este ha sido fácil. La parada estival de agosto, que ya se dejaba notar en julio, hace que haya tardado mucho menos en hacer esta recopilación que las anteriores y, me temo, que las posteriores. Aquí tenéis el storify correspondiente.