Ayer tuve la suerte de poder participar y ayudar en la definició de un treball de recerca de bachillerato que puede resultar muy, muy interesante. Además, entronca con una de las ideas que veo con más recorrido: utilizar las herramientas e información disponible en las bases de datos públicas para hacer ciencia en los institutos (y, por tanto, enseñar y aprender conceptos y, lo que es igual o más importante, la manera de funcionar de la ciencia).
El treball de recerca utilizará los datos y las herramientas que pone a disposición de todo el mundo el NCBI. En este caso en concreto parece que se centrarán en la comparación masiva de secuencias de nucleótidos o de aminoácidos para responder a diferentes preguntas. Me reservo la sorpresa para más adelante. Tomároslo como un teaser sin spoilers.
Aprovecharé la ocasión para dejaros con un protocolo de cómo realizar comparaciones masivas de las secuencias que creáis más convenientes.
El treball de recerca utilizará los datos y las herramientas que pone a disposición de todo el mundo el NCBI. En este caso en concreto parece que se centrarán en la comparación masiva de secuencias de nucleótidos o de aminoácidos para responder a diferentes preguntas. Me reservo la sorpresa para más adelante. Tomároslo como un teaser sin spoilers.
Aprovecharé la ocasión para dejaros con un protocolo de cómo realizar comparaciones masivas de las secuencias que creáis más convenientes.
Buscar una secuencia
En el NCBI, entre otras muchísimas cosas, podemos buscar tanto secuencias de nucleótidos como proteínas. Utilizaré como ejemplo mi vieja amiga MKP-1 (o DUSP-1). Durante cuatro años fuimos íntimos; supongo que ella ya no se acordará de mí (snif). La frase perenne.
Para buscar su secuencia de nucleótidos, utilizaremos la base de datos Nucleotide. Ponemos «MKP-1» en la barra de búsqueda. Intro. Et voilá:
Para buscar su secuencia de nucleótidos, utilizaremos la base de datos Nucleotide. Ponemos «MKP-1» en la barra de búsqueda. Intro. Et voilá: